根据《吉林大学东北与东北亚研究院（国家高端智库）建设管理办法（试行）》，研究院设有理事会、学术委员会、行政管理团队及智库生产平台、服务平台、办公室等内设机构。作为校内实体研究机构，日常行政工作实行理事会领导下的院长负责制，重大学术决策由院学术委员会负责。

理事会是研究院的重大事项决策组织。理事由学校主要领导、国内知名专家等构成，由学校聘任，实行任期制。理事长由学校主要领导担任

学术委员会是研究院最高学术决策机构。学术委员会由东北与东北亚研究相关领域知名专家组成，学术委员会委员由研究院院长提名，研究院理事会批准后由学校聘任。

行政管理团队主要负责执行研究院理事会的各项决议，协调研究院日常的行政管理与运行工作。